A estrutura de funcionamento da Jucepe possui um órgão que é pouco conhecido do público em geral. É o chamado Órgão de Deliberação Colegiada que é formado pelo Plenário e pelas Turmas. O Plenário é composto por um colégio de 17 vogais que são representantes de 11 entidades de classe empresariais e profissionais e seus respectivos suplentes, todos nomeados pelo Governador do Estado, escolhidos a partir de apresentação de lista tríplice. Esse conselho é presidido pelo presidente da Junta e, em sua falta ou impedimento, pelo vice-presidente, e ainda na ausência deste, pelo vogal mais idoso. Cabe ao Plenário, chamado de órgão deliberativo superior, deliberar sobre a tabela de preços dos serviços, sobre o assentamento dos usos e práticas mercantis, julgar os recursos interpostos das decisões definitivas, singulares ou colegiadas, para o desarquivamento de atos que ocorreram com irregularidades.

Trata ainda o Plenário de assuntos relativos ao regulamento geral da Jucepe e questões administrativas da autarquia. Já as Turmas, chamadas de órgãos deliberativos inferiores, são os grupos de vogais responsáveis pela análise dos atos de constituição de sociedades anônimas, bem como das atas de assembleias gerais e demais atos relativos a essas sociedades, de alguns tipos de transformação, incorporação, fusão e cisão de sociedades mercantis; e de constituição e alterações de consórcio e de grupo de sociedades, conforme previsto na lei de sociedades por ações. Na Jucepe, existem cinco turmas, composta por três vogais, cada uma funciona em um dia da semana específico. "Os vogais são os representantes da sociedade na Jucepe. Faz parte do nosso papel defender os legítimos interesses da classe empresarial", afirma Edgar Wanderley, representante da Federação das Indústrias de Pernambuco e o vogal mais antigo da Junta Comercial.

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Entre as entidades representadas no colégio de vogais estão Associação Comercial de Pernambuco, Conselho Regional de Administração, Conselho Regional de Contabilidade, Conselho Regional de Economia do Estado de Pernambuco, Federação da Agricultura do Estado de Pernambuco, Federação do Comércio do Estado de Pernambuco, Federação das Indústrias do Estado de Pernambuco, Ordem dos Advogados do Brasil, Federação das Empresas de Transporte de Cargas do Nordeste, Federação Nacional das Empresas de Serviços Contábeis e Federação das Micro Empresas e Empresas de Pequeno Porte.